Le LUBEM, affiche 3 axes principaux de recherche :
Biodiversité des micro-organismes :Développement et application de méthodes innovantes pour la caractérisation, l'identification et la quantification rapide des micro-organismes à des fins éco-épidémiologiques en santé humaine et de contrôle et de valorisation de la microflore fongique particulièrement dans le secteur agro-alimentaire.
Ecologie microbienne / Structure et fonction des écosystèmes :Caractérisation qualitative, quantitative et fonctionnelle des peuplements microbiens, effet des facteurs biotiques et abiotiques sur les variations de structure et de fonctions.
Ecologie microbienne / Dynamique des populations et des peuplements microbiens :Description et prédiction de la dynamique des populations et des peuplements microbiens d'intérêt agro-alimentaire sous l'effet de facteurs physico-chimiques du milieu.