Connaissance des communautés fongiques d’intérêt alimentaire

En aval du projet FongiLait, Bretagne Biotechnologies Alimentaires, 2007-2009, qui nous a permis de progresser dans la connaissance génétique des taxons d’intérêt fromager tout en montrant les limites de la PCR-TGGE pour les identifier, nous participons au projet « Food Microbiomes », ANR ALIA 2009-2011, coordinateur : Dr Pierre Renault (INRA Jouy-en-Josas).
Ce projet a pour objectif de combler un double déficit de connaissances :

• les communautés fongiques des fromages sont mal connues et
• la capacité de ces communautés à produire des métabolites secondaires l’est aussi.

Dans ce cadre, nous nous intéressons particulièrement au genre Mucor (taxonomie, analyse de génome) et à l’application de techniques d’empreintes moléculaires (CE-SSCP, D-HPLC) pour la caractérisation des communautés fongiques.

Ce projet finance la bourse doctorale d’Antoine Hermet.

Collaborations : INRA Jouy-en-Josas, INRA Grignon, Muséum National d’Histoire Naturelle de Paris, Université de Szeged (Hongrie), partenaires privés.

Contrôle des communautés fongiques d’intérêt agro-alimentaire

Si la recherche et la publication de bactériocines (peptides anti-bactériens) d’origine bactérienne a fait l’objet de nombreux travaux, ce n’est pas le cas des activités antifongiques pour lesquelles les publications disponibles sont peu nombreuses. Or la réglementation et la demande des consommateurs impose désormais de trouver des solutions biologiques au contrôle des contaminants fongique dans les aliments.

Dans ce contexte, nous avons engagé un travail doctoral (Emilie Delavenne, Bourse MESR) dont l’objet est d’isoler, caractériser et tester le potentiel antifongique de bactéries lactiques isolées de laits crus non fermentés ou ayant subi une fermentation lactique spontanée.

Ces objectifs ont été amplifiés dans le cadre du projet FUNGINIB, ANR ALIA 2010-2012, coordinatrice : Dr Gwenaelle Le Blay-Laliberté. Il comporte les tâches suivantes :

• Recherche et caractérisation préliminaire de l'activité antifongique de bactéries lactiques d’origine laitière
• Propriétés technologiques et caractéristiques physiologiques de souches actives pré-sélectionnées
• Caractérisation et optimisation de leurs propriétés antifongiques
• Evaluation industrielle dans des produits cibles
• Etude des composés protéiques antifongiques et modulation de leur activité

Collaborations : INRA Rennes, INRA Nantes, CNRS Rennes, ETH Zurich (Suisse) , Université de Nagoundéré (Cameroun), partenaires privés.

Connaissance des communautés fongiques d’intérêt environnemental

Bois

Notre objectif est d’améliorer la connaissance des communautés xylanolytiques du bois dans l’habitat, de produire des outils de diagnostic améliorés et, en aval de ces travaux, de contribuer à l’émergence de techniques de traitement plus respectueuses de l’environnement grâce à une meilleure connaissance de la biodiversité de ces organismes.

Nous sommes sollicités de longue date et de manière récurrente pour apporter des réponses analytiques pertinentes au besoin d’expertise exprimé en cas de dégradation fongique du bois dans l’habitat (Serpula lacrymans, la mérule). Dans ce contexte que nous avons élaboré le projet PouriBois (thèse de Sandy Maurice, financement Région Bretagne et Brest Métropôle Océane).

• Le premier objectif que nous nous sommes fixés est l’étude des communautés xylanolytiques du bois dans l’habitat via la mise en œuvre de techniques d’empreintes génétiques et le séquençage de gènes ribosomiques.
• Le second objectif consiste à réaliser la caractérisation physiologique de Serpula lacrymans afin de disposer d’un modèle de sa croissance en milieu de culture puis tenter de transposer ce modèle à la croissance dans le bois.
• Le troisième objectif est l’étude de la variabilité génomique et phénotypique (activité cellulasique) des souches que nous aurons pu isoler car elle n’est pas connue actuellement.

Collaborations : Université de Caen, CIRAD Montpellier, FCBA Bordeaux, Université d’Oslo

Océan

Les questions que nous abordons sont les suivantes :

• Les champignons sont-ils présents en domaine océanique ?
• Quelle est la diversité des organismes présents ?
• Présentent-ils des spécificités taxonomiques ?
• Leur présence suppose-t-elle ou non des adaptations spécifiques aux conditions du milieu (pression, température, salinité, oxygénation, conditions trophiques) ?

Nos travaux sont conduits dans le cade du projet DEEP OASES, ANR Biodiversité 2008-2011, coordinateur : Dr Daniel Desbruyères (Ifremer Brest).

Collaborations : Ifremer Brest, Université de Rennes I, ENSBANA Dijon, University of Delaware (USA), Woods Hole Oceanographic Institution (USA)