Anciennes classifications

 La classification des ascomycètes est assez complexe et très fluctuante. Les récentes études de biologie moléculaire portant sur ces champignons ont remis en cause certaines classifications fondées sur des caractères morphologiques et biochimiques.

Dans ce site nous utilisons autant que possible la classification phylogénétique. Mais dans de nombreux ouvrages vous trouverez des classifications plus anciennes. Afin de mieux comprendre les évolutions de la classification des Ascomycètes nous vous proposons trois versions, parmi les plus usitées, des anciennes classifications des Ascomycètes :

• La classification d'Alexopoulos et al., essentiellement fondée sur la morphologie de l'ascocarpe en partie complétée par des données moléculaires (Alexopoulos et al., 1996).
• La classification d'Ainsworth et al. (1973) fondée sur la morphologie des asques puis celle de l'ascocarpe.
• La classification de Luttrell, fondée sur les asques.

Classification phylogénétique

Les analyses phylogénétiques montrent que le phylum des Ascomycota est un assemblage de trois lignées indépendantes : les Taphrinomycotina, les Saccharomycotina, et les Pezizomycotina.

D'après Tolweb

Taphrinomycotina

Les traphrinomycotina (anciennement archiascomycètes) forment un groupe d'ascomycètes primitifs comportant peu d'espèces (quelques dizaines) mais possédant des biologies très variées.
Actuellement, les 4 classes suivantes sont distinguées :

• Taphrinomycetes
  Ces champignons sont des parasites de plantes. Dans la nature, on les rencontre dans les feuilles sous forme de mycélium dicaryotique
• Schizosaccharomycetes
  Ces organismes sont des levures saprophytes qui se divisent par fission. Un membre célèbre est la levure Schizosaccharomyces pombe :
  C'est cette levure qui est utilisée en Afrique pour faire la bière.
  Maintenant, elle est utilisée dans de nombreux laboratoires de recherche, elle sert en particulier de modèle pour l'étude du cycle cellulaire.
• Neolectomycetes
  Ces organismes forment des fructifications pluricellulaires.
  Il existe 3 espèces de neolectomycetes appartenant au même genre: Neolecta.
  Les Neolecta sont probablement des champignons mycorhiziens.
• Pneumocystidomycètes
  Pneumocystis est un parasite obligatoire des poumons des mammifères que l'on a longtemps pris pour un protozoaire. En général l'infection est asymptomatique mais devient sérieuse si le système immunitaire est déficient.
  Pneumocystis carinii infecte le rat. Pneumocystis jirovecii infecte spécifiquement l'homme.

Saccharomycotina

Il existe au moins 600 espèces de saccharomycotina (anciennement hémiascomycètes), mais leur diversité doit être grandement sous estimée.

Ces organismes ne forment pas de structures de fructification et la plupart sont des levures qui se divisent par bourgeonnement. Cependant, elles peuvent produire des pseudohyphes dans certaines conditions voir de vrais hyphes comme Geotrichum, Ashbya ou Yarrowia qui semblent être l'espèce la moins évoluée.

L'espèce la plus célèbre de ce groupe est bien évidemment Saccharomyces cerevisiae ou levure de boulanger ou de bière. C'est la cellule eucaryote sur laquelle on connaît "le plus de choses".

Dans ce groupe, on trouve aussi les Candida contenant une dizaine d'espèces de pathogènes opportunistes de l'Homme. Les Candida causent des infections cutanées ou systémiques, transmissibles par différentes routes dont la voie sexuelle. L'espèce actuellement la plus importante est Candida albicans qui est le champignon pathogène de l'homme le plus répandu.

Parmi les autres espèces, plusieurs sont utilisées dans l'industrie comme les Pichia qui expriment efficacement les protéines exogènes ou Geotrichum qui est la moisissure blanche présente sur de nombreux fromage (Brie...)

Remarque : Attention à ne pas confondre levure et Ascomycète, cette confusion est souvent faite car la plupart des formes levures se trouvent parmi les Ascomycètes mais en fait le terme levure est morphologique, il désigne des champignons unicellulaires qui se développent par bourgeonnement ou division cellulaire et il existe des levures Basidiomycètes et des levures Mucoromycètes.

Pezizomycotina

Les pezizomycotina (anciennement euascomycètes) représentent le groupe d'ascomycète très majoritaire avec plusieurs dizaines de milliers d'espèces décrites. Ces champignons ont envahi la plupart des milieux : eaux, sols, intestins et excréments des herbivores, où ils vivent en saprophytes,. Une bonne partie d'entre eux (environ 50 %!) vit en association avec des algues pour former les lichens. Cependant, cette proportion n'est pas significative car la plupart des espèces de lichens sont déjà décrites alors que celles des autres groupes trophiques ne sont que partiellement connues. Quelques-uns sont des ectomycorhiziens, de nombreux autres sont des parasites/symbiotes de plantes ou d'animaux.

Précédemment, la classification de ces champignons reposait sur la structure de la fructification et/ou celle des asques.
On distinguait :

• Les apothécies qui caractérisaient les Discomycètes.
• Les périthèces qui caractérisaient les Pyrenomycètes.
• Les cleistothèces qui caractérisaient les Plectomycètes.
• Les ascostromas qui caractérisaient les Loculoascomycètes.

L'analyse des phylogénies moléculaires montre que de très nombreuses évolutions convergentes et/ou pertes de caractère se sont produites au cours de l'évolution, et ces différentes formes de fructification n’ont pas de valeur phylogénétique.

Actuellement, on identifie les lignées phylogénétiques suivantes :

Orbiliomycètes Pezizomycètes Arthoniomycètes Dothideomycètes Lichinomycètes Laboulbeniomycètes Eurotiomycètes Lecanoromycètes Leotiomycètes Sordariomycètes

La systématique des Pezizomycotina est détaillée sur la page suivante.

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