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Identification et Classification des Deutéromycètes

Les Deutéromycètes ou Fungi imperfecti sont aujourd'hui considérés comme un ensemble artificiel regroupant les formes asexuées des Dicaryomycota, et ne constituent pas un ensemble phylogénétique.
La subdivision des Deutéromycotina (ou des Deuteromycota) a donc été supprimée de la classification des champignons.

Mais, bien qu'artificiel, ce groupe continue souvent à être étudié comme tel car de nombreuses espèces couramment rencontrées comme contaminant des produits alimentaires ou autres ne sont connues que sous leur forme asexuée. De ce fait dans la pratique nous continuons à utiliser les critères de classification des Deutéromycètes comme éléments d'identification de ces contaminants.

 

Critères de classification

Il existe plusieurs classifications des Deutéromycètes, toutes sont basées sur l'étude de la production des spores asexuées.
La plus ancienne classification fut développée par l'italien Pier Andrea Saccardo (1845-1920). Sa classification, donnée en 1884 est basée sur le mode de groupement des appareils sporifères. Elle est très souvent reprise dans les classifications plus récentes.
Parmi les classifications plus récentes la clé d'entrée la plus usitée est celle de G.C. Ainsworth. Elle est basée sur celle de Saccardo.

Les critères de classification plus "modernes" reposent essentiellement sur le mode de fonctionnement et d'organisation des cellules conidiogènes.
Ces cellules peuvent être portées par un hyphe différencié le conidiophore, qui, dans sa forme la plus simple, se confond avec la cellule conidiogène, mais peut être de structure plus complexe (ramifié, verticillé, pigmenté, etc.) et différencié par rapport au mycélium d'origine.
Les conidiophores peuvent être regroupés dans des organes.

Les éléments utiles pour l'identification des Deutéromycètes sont :

  • Le regroupement des organes conidiogènes (avec éventuellement la présence de structures protectrices).
  • Le mode de conidiogenèse.
  • Autres caractères :
    • le mode de groupement des conidies ;
    • le mode d'implantation des cellules conidiogènes ;
    • l'aspect des conidies ;
    • l'existence de spores ou d'organes de résistance.

 

Remarques :

Dans la pratique les différents caractères utilisés ne sont pas toujours "tranchés" il existe des cas intermédiaires.
Une même espèce peut présenter plusieurs types de conidiogenèse (ex Fusarium).
Les phénomènes de conidiogenèse peuvent être plus complexes, ainsi chez Wallemia sebi la cellule conidiogène bourgeonne une conidie (blastospore isolée) laquelle se segmente en arthrospores.
Les caractères de regroupement des conidiophores s'estompent voire disparaissent en culture. Le rattachement d'une espèce aux Coelomycètes sur la base d'une simple observation "en culture" est donc assez délicat, voire impossible.

Le critère d'ontogenèse sporale nécessite de nombreuses observations et est relativement difficile à appliquer particulièrement dans le cas des Coelomycètes.

Dans tous les cas, et quels que soient les critères utilisés, la classification des Deutéromycètes est artificielle et ne reflète que peu leurs parentées réelles.

 

Classification et identification

Comme précisé ci-dessus il est artificiel de classer les Deutéromycètes, mais l'utilisation de critères de classification s'avère utile lorsque on veut identifier un champignon ne présentant pas de reproduction sexuée.
Nous suivons les recommandations de Barnett & Hunter (1998) et utilisons une classification simplifiée basée sur celle de Saccardo. Pour les deux familles principales nous utiliserons les subdivisions du système de Hughes-Tubaki-Barron (basé sur la conidiogenèse).
Ces divers systèmes de classifications utilisent une nomenclature de type ordre, famille, etc. Mais il ne s'agit que de regroupements morphologiques, certains auteurs utilisent les termes de morpho-genre, ou morpho-espèce, etc.

La classification distingue trois principaux groupes en fonction du regroupement ou non des appareils sporifères (Ainsworth, 1971).

 

Blastomycètes

Ce sont les levures se multipliant par bourgeonnement.
Elles sont souvent exclue des Deutéromycètes, certains auteurs restreignant le groupe aux champignons filamenteux.
Nous ne les developperons pas sur ce site.

 

Coelomycètes

Les appareils reproducteurs sont regroupés, les conidies sont produites dans une cavité ou sur un coussinet stromatique.
On les subdivise en deux groupes (ou morpho-ordres) : les Sphaeropsidales et les Mélanconiales.

 

Les Sphaeropsidales

Les conidiophores sont contenus dans un organe spécialisé (pycnide) plus ou moins en forme de carafe
(piriformes à subglobulaires) dont l’aspect rappelle celui des périthèces.
Les pycnides se développent quelquefois dans un stroma. Les pycniospores sont muqueuses et donnent des cirrhes ou des glomérules.

On peut les subdiviser en quatre groupes, les deux principaux sont :

  • Leptostromatacés
    Les pycnides se développent dans un stroma, identique à des ascocarpes d'Hystériales.
    Exemple : Leptothyrium, Melasnia
  • Sphaerioïdacés
    Les pycnides sont libres (hors stroma). Sporulent très mal. Parasites ou saprophytes de plantes supérieures.
    Exemples : Phyllosticta, Phoma, Ascochyta, Septoria, Diplodia, Sphaeropsis, Phomopsis

 

Les Mélanconiales

Les conidiophores se développent dans une cavité des tissus d'un organisme hôte : acervule
Les Mélanconiales donnent des anthracnoses. Sur les plantes infectées, les acervules sont limitées par la cuticule et l'épiderme.
En boîte de Pétri les acervules n’existent pas mais on peut observer des groupements de conidiophores proches des sporodochies des Hyphales.
Exemples : Colletotrichum sp., Pestalotia sp. , Marssonina

 

 

Hyphomycètes

Les thalles sont dépourvus de pycnides ou d'acervules les conidiophores sont dispersés sur le mycélium ou ce dernier peut rester stérile.

On les subdivise en un ordre et un « groupe ».

 

Les Mycélia stérilia

Les Mycelia sterilia n'ont pas de spores capables de germer en mycélium.
Quelquefois, de petites pycnides différencient des spermaties. Ils présentent des cellules ou des organes de résistance solides : chlamydospores, sclérotes.
Exemples : Rhizoctonia solani, Sclerotium, Sclerotinia, Papulospora

 

Les Hyphales (Moniliales)

Les Hyphales constituent le principal groupe des Fungi imperfecti.
Chez les Hyphales l’appareil sporifère est "libre" et plus ou moins dispersé sur le thalle.
Les conidiophores peuvent être séparés, ou plus ou moins regroupés.

Subdivisé en quatre familles principales selon le regroupement et la pigmentation des conidiophores :

  • Tuberculariacés
  • Stilbacés
  • Dematiacés
  • Moniliacés (ou Mucedinacés)

 

Tuberculariacés :

Les conidiophores sont groupés sur un stroma globuleux (sporodochie), souvent peu développé en culture. Les Mélanconiales produisent parfois des strucures très proches.

Exemples : Fusarium, Epicoccum

 

Stilbacés :

Les conidiophores sont groupés en corémies, surtout dans les cultures agées. Parfois présence de conidiophores isolés.
Exemples : Doratomyces

 

Dematiacés :

Les conidiophores généralement isolés sont de couleur sombre et dispersés sur le substrat.
Exemples : Alternaria (A. Solani, A brassicicola, ...), Cladosporium (C. herbarum, ...), ...

 

Moniliacés (ou Mucedinacés) :

Les conidiophores généralement isolés sont de couleur claire et dispersés sur le substrat.
Exemples : Penicillium, Aspergillus, Botrytis (B. aclada, ...), ....

 

Les Moniliacés et les Dematiacés regroupent la plupart des espèces couramment rencontrées et il est nécessaire de les subdiviser pour faciliter leur identification.
Dans la classification de Saccardo ces groupes sont subdivisés en fonction de la septation et la forme des conidies.

 

Bien que plus complexe le système de Hughes-Tubaki-Barron, basé sur la conidiogenèse, peut s'avérer plus efficace pour séparer et identifier les différentes espèces de Deutéromycètes et particulièrement les Moniliales.

Dans ce système les Deuteromycètes "non stériles" sont subdivisés en 10 groupes (morpho-familles) :

  • Arthrosporés
  • Arthrosporés méristématiques
  • Aleuriosporés
  • Annellosporés
  • Blastosporés
  • Botryoblastosporés
  • Porosporés
  • Sympodulosporés
  • Phialosporés
  • Blastosporés méristématiques
Détail des morpho-familles

 

Bibliographie

  • Ainsworth, G.C. (1971). Ainsworth & Bisby's dictionary of the fungi (6th ed.). Commonwealth Mycological Institute, Kew, Surrey, 663 p.
  • Barnett, H.L., Hunter B.B. (1998). Illustrated genera of imperfect fungi (4th ed.). APS Press, St Paul, Minnesota, 218 p.
  • Kiffer, E., Morelet, M. (1997). Les deutéromycètes, classification et clés d'identification générique.INRA, Paris, France, 306 p.
  • Autres réferences :

 

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