Laboratoire Universitaire de Biodiversité et d'Ecologie Microbienne

Laboratoire Universitaire
de Biodiversité
et d'Ecologie Microbienne

Prix de Thèse SFM 2020

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Guillaume Dubrulle, ancien doctorant du LUBEM, a remporté le prix du public de la meilleure thèse SFM 2020. Toutes nos félicitations!

Sa thèse, dirigée par Gaétan Le Floch et co-encadrée par Flora Pensec, Adeline Picot et Stéphanie Madec, portait sur l’anthracnose du lupin, une maladie majeure provoquée par le champignon filamenteux Colletotrichum lupini. Le genre Colletotrichum rassemble un grand nombre d’espèces phytopathogènes caractérisées par une distribution mondiale et classées parmi 11 complexes d’espèces, C. lupini appartenant au complexe d’espèces C. acutatum.

Jusqu’à aujourd’hui, les travaux de recherche ont permis de mieux comprendre son positionnement phylogénétique ainsi que son cycle infectieux, mais des travaux complémentaires restaient nécessaires afin de mieux connaître (i) la diversité des souches de C. lupini ainsi que (ii) les déterminants moléculaires de sa pathogénicité.

Pour répondre au premier objectif de cette thèse, l’étude d’un panel de souches issues de collections mais aussi d’isolement réalisés récemment en région Bretagne et Pays de la Loire a montré que la diversité phylogénétique intra-spécifique est faible par rapport à la diversité phénotypique, notamment marquée par un pouvoir pathogène contrasté selon les souches.

L’étude des transcrits et des protéines synthétisées par le champignon, au cours d’une cinétique d’infection sur lupin, a permis de répondre au deuxième objectif via une approche de séquençage RNAseq et de spectrométrie de masse nLC Qexactive Orbitrap MS/MS. Ces études ont mis en évidence que les cinétiques d’apparition des symptômes, d’expression de gènes et de synthèse des protéines semblent caractéristiques des agents hémibiotrophes. Des gènes peu décrits et d’autres de fonction inconnue, spécifiquement associés à des stades précoces ou tardifs de l’infection, ont également été mis en évidence. La détermination de leur rôle dans l’établissement de la pathogénicité de C. lupini nécessitera une validation fonctionnelle.

 

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