Mutualisation des services, mobilité-redéploiement des personnels et suppression de postes : Des services transversaux sont appelés à être mutualisés, source de surcharge de travail, de dégradation des conditions de travail, il faudra faire plus avec moins de personnel.
Charge de travail accrue : Sans les personnels BIATSS, l'université ne pourrait pas fonctionner. La transition vers un EPE entrainera une augmentation de la charge de travail et une complexification des procédures due à la réorganisation administrative et à la mise en place de nouvelles politiques. La volonté de se montrer excellent génère la recherche de certification (ISO entre autres) qui bureaucratise les activités professionnelles.
Restrictions budgétaires : La mise en place de l'EPE et les fusions d'établissements ont des coûts importants, comme pour les EPE de Lille, Strasbourg et Grenoble. Ces coûts ne sont pas compensés par l'obtention de PIA (incertaines) ou de rallonges budgétaires demandées au MESR. Ces EPE s'accompagnent d'une cure d'austérité notamment au niveau des campagnes de l'emploi où les UFR sont contraintes de respecter le cadrage budgétaire (d’austérité) de la présidence. Les EPE sont soumis à des financements moins stables, ce qui peut affecter les ressources disponibles pour les personnels BIATSS, notamment en termes de formation, de développement professionnel ou de conditions de travail.
Précarité de l'emploi : La transformation en EPE peut entraîner des changements dans les conditions d'emploi des personnels BIATSS, les exposant parfois à une plus grande précarité en termes de contrats, de rémunération ou de garanties sociales. Dans les EPE mis en place ailleurs en France, on voit une augmentation de la part de contractuel·les pour les BIATSS. Par exemple, à l'EPE Côte d'Azur, ces personnels représentent désormais plus de la moitié des Biatss !
CDisation incertaine et peu favorable aux personnels BIATSS : La nouvelle charte des contractuel·les restera certainement valide sous un EPE. Cependant, actuellement à l'UBO, et malgré la charte, des collègues sont toujours en CDD depuis plus de 5 ans, voire 7 ans. Il y a donc un gouffre entre les promesses et la réalité. De plus, l'absence de primes pour les CDD et l'octroi de primes au rabais pour les CID resteront à combattre. La pression de la recherche de l'excellence de l'EPE, et les choix budgétaires associés, risquent d'aggraver les conditions de travail et de rémunération des CDD et CDI
