Laboratoire Universitaire de Biodiversité et d'Ecologie Microbienne

Laboratoire Universitaire
de Biodiversité
et d'Ecologie Microbienne

Axes de Recherche

Questionnements scientifiques

Les questionnements scientifiques de l'équipe « Ecosystèmes à composantes fongiques » s'articulent autour de

  • la diversité des écosystèmes à composante fongique et leur dynamique
  • la physiologie des champignons filamenteux
  • leur fonction dans l’écosystème et notamment l’étude des métabolites (désirables ou indésirables) qu’ils produisent
  • leur maîtrise

Ces travaux sont appliqués dans 3 grands secteurs

  • alimentaire
  • environnement
  • agriculture

Les approches mises en œuvre ont considérablement évolué avec l’utilisation d’approches globales comme les techniques de séquençage de nouvelle génération (métagénomique et métatranscriptomique) mais aussi la chromatographie couplée à la spectrométrie de masse (LC/Q-ToF, GC/MS), la protéomique, la génomique et le « silencing » de gènes ou encore la culture cellulaire et la cytométrie en flux.

Champignons et aliments

Différents projets ont été menés sur:

  • les méthodes d’identification des champignons (méthodes moléculaire ou phénotypique),
  • la caractérisation d’écosystèmes alimentaires complexes à composante fongique
  • la taxonomie des champignons.

Un travail considérable a porté sur les champignons retrouvés dans les produits laitiers qu’ils soient technologiques ou contaminants. En particulier, deux modèles d’étude ont fait l’objet de recherche approfondie :

  • P. roqueforti
  • Mucor spp. associés aux fromages.

Ces travaux ont porté aussi bien sur leur diversité que sur leur physiologie et la modélisation de leur comportement, mais également leurs fonctions (production de mycotoxines, voies de biosynthèse associées et toxicité) ainsi que sur la maîtrise des contaminants fongiques par la bioprotection.

Champignons et environnement marin

Plusieurs projets ont porté sur la mise en place d’outils (méthodes moléculaires et culturales) et de bases de données (bases de données de séquences environnementales et d’isolats fongiques), la caractérisation des communautés fongiques issues d’environnements marins inexplorés, les caractéristiques écophysiologiques de ces communautés et leurs fonctions ou encore la description d’une nouvelle espèce de champignon marin.

Le travail réalisé peut être découpé en 2 volets connexes:

  • l’exploitation de données moléculaires issues de séquençage haut-débit
  • la caractérisation d’isolats fongiques obtenus par des approches culturales innovantes.

L‘ensemble du travail réalisé nous a permis de positionner durablement le LUBEM dans la thématique émergente des champignons marins avec notamment notre intégration à plusieurs réseaux de chercheurs.
 

Champignons et agriculture

Plusieurs projets ont porté sur la mise en place d’outils (méthodes moléculaires et culturales) comme outil de diagnosic ou pour caractériser les communautés fongiques issues de l'habitat ou de sols cultivés ou de cultures hors-sol, les caractéristiques écophysiologiques de ces communautés et leurs fonctions .

Plus précisément, les différents travaux réalisés ont porté sur :

  • Champignons responsables de la pourriture du bois dans l’habitat
  • Identification des Penicillium spp. contaminant les ingrédients agroalimentaires
  • Impact de l’apport de matières organiques et des techniques culturales simplifiées sur la diversité fongique du sol et sa stabilité structurale
  • Evaluation d'un substrat de culture sur la structure des communautés en culture hors-sol

 

Contacts

lubem@univ-brest.fr                                                                                                                                

Secrétariat Plouzané :

Marielle.LeGuen@univ-brest.fr
Tél. : 02 90 91 51 11

Secrétariat Quimper :

lisa.martin@univ-brest.fr
Tél. : 02 98 90 85 58